Program Merdeka Belajar NUNI (PMBN) merupakan inisiasi NUNI melalui anggotanya untuk mengikuti arahan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Bapak Nadiem Makarim mengenai Program Merdeka Belajar - Kampus Merdeka. Lima belas (15) universitas anggota NUNI dari total 21 anggotanya turut berpartisipasi dalam program ini. Diharapkan program ini dapat menjadi wadah bagi mahasiswa dari berbagai universitas negeri dan swasta terkemuka di berbagai daerah untuk dapat mengenyam pendidikan di universitas mitra. Dalam berbagai kesempatan tentunya selain mendapatkan pengalaman akademis yang baru, mahasiswa juga bisa mengalami interaksi dengan mahasiswa lainnya dari universitas-universitas di dalam konsorsium NUNI ini. Melalui PMBN, keunggulan program studi dan semangat kebersamaan menjadi sangat penting untuk dapat menujukkan esensi dari program ini. Terlebih lagi untuk memberikan nilai yang berharga bagi generasi muda Indonesia dalam mengembangkan wawasan, nasionalisme serta calon - calon pemimpin yang unggul di masa depan.