Sejarah berdirinya Univesitas Kristen Maranatha sesungguhnya merupakan suatu peristiwa yang diliputi oleh berkat rahmat Tuhan. Mengapa? Karena berdirinya Universitas Kristen Maranatha tidak terlepas dari hasil perjuangan yang panjang dan gigih dari para mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Kristen Indonesia (UKI) Immanuel yang berjumlah 130 orang, yang telah menyatakan melepaskan diri dari UKI Immanuel pada hari Sabtu tanggal 4 Juli 1964 malam bertempat di Lyceum Jln. Ir. H Juanda Bandung. Tindakan tersebut dilakukan karena mereka sangat resah, sebab penyelesaian persoalan intern di UKI Immanuel sudah buntu, dan para tokoh-tokoh Kristen Jawa Barat tidak melihat kemungkinan untuk terlibat memecahkan masalah. Para mahasiswa tersebut menyerahkan hari depan pendidikan mereka kepada intelegensi Kristen dan Gereja-gereja di bawah naungan Dewan Gereja Indonesia (DGI).

Berbagai upaya telah dilakukan oleh para mahasiswa. Seperti menghadap dan melapor kepada Menteri PTIP (Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan) dan Dr. I. Leimena, Wakil Perdana Menteri II, pada waktu itu. Selain itu, Badan Pendidikan Kristen (BPK) – Jabar juga telah berupaya mencari jalan keluar penampung bagi mahasiswa-mahasiswa, dengan menghubungi UKI Jakarta dan UK. Satya Wacana Salatiga, namun usaha ini tidak berhasil.

Memperhatikan keresahan dan perjuangan para mahasiswa yang sangat gigih, maka Pdt. Gouw Gwan Jang dari GKI dan Pdt. Jakin Elya dari GKP, mendesak para intelegensia Kristen untuk mendirikan suatu lembaga pendidikan tinggi Kristen baru di Bandung. Namun, Persatuan Intelegensia Kristen Indonesia (PIKI) cabang baru di Bandung, yang baru didirikan pada tanggal 19 April 1964, pada prinsipnya tidak membantu mahasiswa, karena hal tersebut merupakan “urusan dalam” UKI Immanuel.

Pada tanggal 29 Desember 1984 pukul 20.00, bertempat di Lycuem Bandung, diadakan pertemuan para tokoh tokoh gereja dan masyarakat Kristen, dalam rangka memeceahkan kesulitan yang di hadapi oleh mahasiswa Fakultas Kedokteran yang melepaskan diri dari UKI Immanuel.

Pertemuan tersebut dihadiri oleh perwalkilan dari Gereja-gereja Kristen, Sinode GKI dan Sinode GKP, DGI, PIKI, Yayasan Pendidikan Kristen, Majelis Daerah Pendidikan Kristen (MDKP), para Pendeta, dermawan dan Cendikiawan, orang tua mahasiswa dan para mahasiswa.

Pertemuan tersebut mengalami suasana tegang dan jalan buntu karena PIKI berpendapat sangat sulit untuk mendirikan suatu fakultas kedokteran. Menghadapi suasana tegang dan jalan buntu tersebut, maka telah dilakukan doa kembali yang dipimpin oleh seorang pendeta yang hadir. Seusai doa pertemuan dilanjutkan dengan sambutan yang terahir, yang disampaikan oleh perwakilan DGI, yang juga mewakili dr. J. Leimena yang berhalangan hadir. Setelah menyampaikan kata-kata pembukaan, pada akhir kata sambutannya beliau berkata : “Kami dan bapak-bapak sekalian mengaku sebagai orang Kristen, dan yang menjadi korban adalah anak-anak kalian yang juga Kristen. Firman Tuhan mengatakan: “Ketuklah Pintu Maka akan Kubuka, dan mintalah maka akan Kuberi.” Anak-anak kalian telah berulang kali meminta kepada kami, juga kepada bapak-bapak terutama dari pihak PIKI untuk dibuatkan wadah bagi mereka. Tegakah kalian melihat mereka terlantar?” Pada saat itu Kuasa Tuhan bekerja. tiba tiba dr. J.E Siregar, Ketua PIKI cabang Bandung, berdiri dan naik ke mimbar, serta mengatakan: “Kami bersedia untuk mendirikan Universitas Kristen di Bandung dan menampung saudara-saudara sekalian. Kami meminta waktu beberapa bulan untuk mengusahakannya”.

Tepuk tangan riuh yang berkepanjangan menyambut pernyataan dr. J.E. Siregar. Para tokoh PIKI akhirnya memutuskan untuk mendirikan suatu perguruan tinggi Kristen yang baru di Bandung, yang didukung oleh Gereja Kristen Indonesia (GKI) dan Geraja Kristen Pasundan (GKP). Perjuangan yang gigih dari para mahasiswa eks fakultas kedokteran UKI Immanuel akhirnya membuahkan hasil.

Pada hari Senin 14 Juni 1965, dibuat akte pendirian Yayasan Perguruan Tinggi Kristen Maranatha oleh notaris Lie Kwee Nio di Bandung. Ketua Yayasan PTK Maranatha dijabat oleh dr. J.E. Siregar, dari GKP. Pada hari Sabtu 11 September 1965 pukul 17.00 bertempat di GKI-Jabar Jl. Kebon Jati. 40 (sekarang no. 100) Bandung, diresmikan berdirinya Universitas Kristen Marantha. Acara peresmian didahulukan oleh doa yang dipimpin oleh Pdt. Jakin Elia, yang dilanjutkan dengan sambutan dari dr. J.E. Siregar selaku ketua Yayasan PTK Maranatha, dr. Hasan Sadikin mewakili UNPAD, Gubernur Jabar Bapak Mashudi, Pdt. Tan How Siang Sekjen Sinode GKI, dr. Hasin Boesoirie Direktur RSUP Ranca Badak (sekarang RSUP Hasan Sadikin) dan Ir. Go Pok Oen, Ny. J. Leimena, Mawawi MSc, dr. Median Sirait selaku tokoh-tokoh Cendekiawan Kristen.

Pada awal pendiriannya, Universitas Kristen Maranatha dimulai dengan satu fakultas yaitu Fakultas Kedokteran, kemudian menyusul Fakultas Teknik dengan jurusan Teknik Sipil dan Fakultas Psikologi serta Fakultas sastra Jurusan Sastra Inggris pada tahun-tahun berikutnya. Untuk sekian lama UK. Maranatha bertumbuh dan berkembang dengan hanya empat fakultas.